De nuevo instaurado como una de las referencias futbolísticas en Cataluña, mantuvo grandes disputas con el F. C. Barcelona y un nuevo club surgido, el Football Club España, y entre los tres se repartieron los éxitos de las sucesivas ediciones del Campeonato Regional. «Dos jugadoras del Tacon, una del Barcelona y otra del Atlético, camisetas de futbol baratas nominadas al Balón de Oro». Sin embargo, dicha relación iba a empezar a truncanse en una rivalidad importante a partir de una fecha importante: La jornada 42 de la temporada 2002-03 en segunda división.
