En 1948 el club realizó su primera gira internacional fuera de Sudamérica, incursionándose en México para enfrentarse a rivales como Atlante, camiseta barcelona 2023 León y las Chivas de Guadalajara. El 24 de mayo de 2009, el equipo hace historia: por primera vez desde su creación y al empatar en Alcoy 2-2 en el partido de vuelta con goles de Mena y de Juan Pablo, asciende a Segunda División. El «paraguayo de oro» se fue del Rojo habiéndose convertido en el mayor goleador de histórico de Independiente y del fútbol argentino con 295 goles.
