Después de la salida de Jozić del club, el equipo sufrió algunos años de inestabilidad, provocados por la disputa por la presidencia y una deuda en lento crecimiento. En 1998 se introdujeron truchas arco-iris para la creación de una escuela de pesca «sin muerte», única modalidad permitida en la actualidad, que ha permitido la supervivencia de esta especie. Luego del cuestionamiento inicial hacia el nuevo entrenador, en 1996 Colo-Colo logró su vigésima estrella, de la mano de, entre otros, el volante Marcelo Espina y los delanteros Ivo Basay y Marcelo Barticciotto.
